Rosa es la tercera hija del matrimonio Flores Oliva. Su padre es Gaspar Flores y su madre, María de Oliva, limeña, inteligente y hacendosa. Antes de ella nacen Bernardina y Fernando.

Transfiguración de la niña Isabel
En un libro "aforrado en pergamino",donde se asientan los españoles bautizados en la parroquia de San Sebastián , a fojas 72, queda inscrita la siguiente partida: "En domingo día de Pascua del Espíritu Santo", veinte y cinco de mayo de mil quinientos y ochenta y seis, bautizó a Isabel, hija de Gaspar Flores y de María de Oliva; fueron padrinos Hernández de Valdés y María Orosco.

Antonio Polanco (cura)

El documento ofrece una extraña particularidad. Al margen del lacónico registro hay una anotación que dice: "Isabel, hija de estima". Acaso una revelación, traducida en un sencillo concepto estampado ahí sin premeditado propósito, hace que el error del cura Polanco se convierta en profético augurio. No es de uso escribir anotaciones tales. Quizás el bueno del padre Antonio se propuso tan sólo poner "hija legítima" y, mientras su pluma, sus ojos y su mente pretendían hacerlo, una mano invisible se encargaba de corregir, por cuenta propia y a cuenta de merecimientos futuros, el tembloroso trazo del distraído párroco.

Fue bautizada a las tres semanas escasas de nacida. El 9 de julio de 1586 tiembla con inusitada violencia la tierra. El terremoto memorable deja maltrecha y suplicante a la ciudad. A pesar de todo, la casa de Gaspar Flores no ha sufrido grandes daños y el violento terremoto ha querido respetar la sencilla morada que parece estar defendida por este ángel de la guarda que apenas cuenta con tres meses de edad.

Una tarde mientras Santa Rosa dormía su criada india le destapa el velo y nota que su rostro era el de una rosa con sus pétalos de leve luminosidad. Al ver esto su madre promete llamarla Rosa durante toda su vida. Toda la familia estará de acuerdo con el nuevo nombre a excepción de la abuela Isabel Herrera, quien no quiere que su nieta sea despojada de su legítimo nombre. Luego vendrían tres hermanitos más, uno por año: Juana, Andrés, Antonio y una niñita Mariana que han adoptado y que cuenta los mismos años de Rosa. Toribio de Mogrovejo le dará la confirmación en Quive a dos de los hermanos de Rosa y a ella misma a la edad de once años. Santo Toribio no conoce siquiera el nombre y ante el asombro de todos la llama Rosa en vez de Isabel. Rosa vive más para su espíritu que para su cuerpo. Está con mayor frecuencia suspendida en la meditación, aclimatada en el infinito país del cielo, su patria verdadera que atenta contra la menguada realidad de la tierra miserable y triste. El modelo que tomará será la de Catalina Benincasa, la Virgen de Siena a quien hemos de recordar muchas veces porque la semejanza entre la dominica italiana del siglo XIV y nuestra virgen criolla es extraordinaria. Siguiendo el modelo, Rosa ha hecho voto de virginidad perpetua y ha cortado sus cabellos para irse despojando de los adornos femeninos que pudieran atraer las miradas de indiscretos galanes. Santa Rosa cultiva con fervor infatigable el jardín florecido de su vida interior, no desatiende los deberes de su casa ni da tregua a sus manos, hábiles ya en la múltiple tarea de la rueca y la aguja. Pero don Gaspar sigue preocupado por la economía ya que ahora son once los hijos y doce con Mariana, más su mujer y la abuela y él mismo. La virgen limeña confía sus inquietudes a Fernando, el hermano y compañero de los juegos de la niñez y en quien muchas veces ha de encontrar apoyo. Santa Rosa fue una ferviente admiradora de Fray Luis de Granada; alterna sus horas de oración con la poesía, que es también arte de contemplativos y afición de místicos, y aún le queda tiempo para la música. Toca el arpa , la cítara y la vihuela. El huerto tiene para ella una atracción especial. El amor por la naturaleza es una característica de los misántropos y los místicos. El pequeño recinto se le figura copia de la obra del creador. Utiliza toscos adobes, primitivo barro, ladrillo crudo para construir su celda que es pequeñísima como una cámara de castigo. Tiene apenas el espacio necesario para una rústica silla y un diminuto altar para que Rosa de Santa María se recoja en su místico recreo.